我们公司属于分包。总包付款是扣完税的金额（代扣代缴）这笔业务我应该怎么处理？

最好能拿到完税凭证后再进收入。因为你已经向对方开发票了，所以要做账。
借：应收账款-总包方 57万
贷：预收账款-预收工程款 57万
拿到完税凭证后，将完税凭证所记金额连同预收账款57万一起进工程结算收入。
借：预收账款 57万
借：应交税费-应交营业税 *万
贷：工程结算收入 57+*万
同时计提税金
借：工程结算税金及附加 *万
贷：应交税费-应交营业税 *万

如果这个月做账的话，要将57万加上代扣代缴的税金进工程收入，计提税金要与代扣代缴的税金一致，但与税务协商先不申报(可能性不大，因此这样比较难办)。

还有什么可能性我一时也想不了这么多了，我也是施工企业会计，但没遇到你这种事。

对于总包方先不给你们的完税凭证的。

你们应该先把这一块税金对应的金额计入往来挂账。

借：银行存款57
应收账款
贷：工程结算