FOB合同下货物已经装船且船已经离港但船东拒绝将提单签发给发货人，该怎么办

可通过司法程序解决,船舶代理人未经船东同意，签发提单给发货人会有欺诈罪

这个牵涉到的环节比较多。船东不一定就是船公司，而船公司又不一定是提单签发人。
所以不知道你想问的是什么？或者能不能再说的具体一点？走的是什么货？走的是集装箱还是大宗散货船？向谁订舱的？

能不能问下问什么不签给发货人？没有任何理由阿？船东关心的是运费。
你所说的船舶代理人是货代么？没有船东（是指船公司吧？）同意签发的任何提单都是没有意义的。只有船公司提单才能提货。

除非是你不付费或是单证有问题，否则没理由不签发的