在物理当中的直角坐标系，原点不为零，如以1或3开始，这与通常的坐标系有什么区别

其实没有什么区别。比如现在我要画一个图，但是这个图是从100开始的，那么我就不需要把整个坐标都画出来（不是太浪费纸嘛！）。这个就是他们之间的区别。
你做题的时候小心就是了。出现了之后不要把横轴与纵轴的交点当成0就行了，这样的坐标会标出交点到底是什么。你代进去算就行了。